本专业的前身为发酵工程专业，创立于1986年。生物工程的核心是研究和开发基于生物学理论基础上的系统工程技术问题，其主要特征是利用细胞或酶特有的代谢和转化特性进行物质的加工与转化，运用现代生物技术对生物体与生物分子进行改造，建立优化的生物过程与工艺实现先进生物制造。所包含的细胞培养与代谢工程、生物催化与转化工程、合成生物技术与系统生物工程、生物药物与材料工程、生物资源与环境工程等高新生物工程技术已成为推动世界新技术革命的重要力量。随着基因药物、基因治疗、转基因作物、生物材料、生物能源等一大批高科技含量的产品在市场显露出强大生命力，生物工程产生了巨大的社会效益和商业价值。本专业毕业生能够适应生物、医药、食品、环保、轻工、保健等产业中生物产品的生产、开发和工程设计、管理与新技术研究等工作，具备广泛的择业面和未来发展前景。本专业师资力量雄厚。专任教师30名，全部具有博士学位，其中正高职称7名，副高职称16名，福建省新世纪优秀人才2人，福建省高层次ABC类人才8人，福州大学旗山学者2人。承担了数十项国家级、省部级重大科研项目，近5年科研总经费9000余万元，获得多项省级科技进步奖、全国抗击新冠肺炎疫情先进个人等奖项。拥有福建省海洋酶工程重点实验室、酶高效表达国家工程实验室福州大学分室、福建省海洋生物制品工程研究中心、海洋生物高值高质化利用技术创新服务平台、海洋绿色生物制造技术协同创新中心、海产品废弃物综合利用工程技术研究中心、福建省生物医药工程技术研发平台等国家和省部级平台。在酶工程、海洋生物技术、分子诊断、生物制造、生物材料、生物制药等方向有较强优势。与产业界合作紧密，建有福州大学-迈新生物肿瘤诊断研究所、福州大学-宏东海洋生物医药研究中心、福州大学-佳宁生技联合研发中心、福州大学健明医疗研究中心等校企合作研发机构。人才培养特色鲜明。坚持专业基础理论教学与实验技能培养并重的理念，注重工程能力训练、创新创业意识及能力培养，注重国际视野培养。紧密结合生物医药产业开设综合实践课程，让学生得到全产业链系统训练。鼓励学生参加课外科研训练，在各类大学生学科竞赛中屡获佳绩。本专业始终以学生全面发展为中心，发挥生、工、医、药交叉优势，将学生培养为德、智、体、美、劳全面发展，具有扎实生物学及工程学理论基础和相关学科知识，过硬工程能力、浓厚家国情怀，兼具良好的文化素养和国际视野，能解决现代生物与医药产业复杂工程问题的领军型拔尖人才。