学校设有马克思主义学院、基础医学院、医学院、护理学院、药学院、公共卫生与检验医学院、康复医学与保健学院(中医学院)、口腔医学院、医学人文与信息管理学院、体育艺术学院、国际教育学院、继续教育学院、总医院（临床医学院）、第一附属医院（第一临床学院）共14个二级教学机构。

    学校有中国-巴基斯坦中医药中心、湖南省中巴民族医药开发国际科技创新合作基地等国际合作平台2个，国家药物临床试验机构2个。侗医药研究湖南省重点实验室、新型抗体药物及其智能运输系统湖南省重点实验室、中药合成生物学研究湖南省重点实验室（侗医药研究湖南省重点实验室为全国重点实验室培育单位）。拥有湖南省研究生培养创新实践基地、湖南省感染性疾病临床医疗技术示范基地、湖南省研究生培养创新实践基地、湖南省骨科康复综合性临床医疗技术示范基地、湖南省急危重症疾病临床医疗技术示范基地、大湘西区域急危重症科普基地、卒中高危因素控制及卒中预防科普基地(培育）、药“试”寻真——药物临床试验科普基地（培育）、湖南省呼吸与危重症疾病临床医疗技术示范基地、中药合成生物学研究湖南省重点实验室、湖南省多发重症创伤救治临床医疗技术示范基地、湖南省心肌损伤应急处置临床医疗技术示范基地、湖南省脊柱脊髓损伤与修复临床医疗技术示范基地、国家级科技创新平台培育建设平台（侗医药研究湖南省重点实验室）、湖南省基层数字医防一体化工程技术研究中心、中医药真实世界临床实践湖南省工程研究中心、互联网（中西协同）健康服务湖南省工程研究中心、湖南省民族医药文化研究基地、湖南省社会科学创新研究基地（西部陆海新通道湘西发展战略研究）、湖南医药学院全民健康素养科普基地、湖南医药学院生命文化传承教育基地等22个省部级科研平台。湖南省普通高等学校重点实验室、湖南省普通高等学校哲学社会科学重点研究基地、怀化市重点实验室、怀化市临床医疗技术示范基地等市厅级科研平台45个。

    国家级一流专业建设点：药学；

    省级一流专业建设点：临床医学、护理学、医学检验技术、中药学、医学影像技术、健康服务与管理；

    省级应用特色学科：药学、临床医学、护理学。

    学校有国家级一流课程1门，省级一流课程31门，省级课程思政示范课程2门。

    学校具有学士学位授予权，包括医学、理学、管理学、教育学。

    学校现有教职医护员工4642人（含2所直属型附属医院），其中高级职称995人，具有博士、硕士学位教师1003人，享受政府特殊津贴专家3人，博士生导师2人，硕士生导师98人，培养认定临床教师3837人。

    学校面向全国27个省（自治区、直辖市）招生，在校全日制大学生12687人，其中本科生12387人。