本校设有20个二级教学单位，分别是第一临床学院、第二临床学院、临床学院、急诊创伤学院、中医学院、国际护理学院、药学院、热带医学院、基础医学与生命科学学院、管理学院、公共卫生与全健康国际学院、口腔医学院、生物医学信息与工程学院、国际教育学院、西英格兰学院、儿科学院、全科医学与继续教育学院、人文社会科学部、外语部、体育部。

国家级实验教学示范中心：临床技能实验教学中心

国家药物临床前安全性评价机构实验室：海南省药物安全性评价研究中心。通过国家食品药品监督管理局GLP认证；国家42家药物临床前安全性评价机构的实验室之一。

中国医学科学院联合实验室：海南省人类生殖与遗传重点实验室（筹）——中国医学科学院再生生物学重点实验室联合实验室。

省级重点实验室：海南省热带病重点实验室；海南省热带药用植物研究开发重点实验室；海南省药物临床前药理毒理学研究重点实验室；海南省人类生殖与遗传重点实验室（筹）；海南省肿瘤干预与发生重点实验室。

国家特色专业：临床医学专业、药学专业。

国家级实验教学示范中心：临床技能实验教学中心。

国家级教育培训基地：海南省全科医学培训中心，卫生部全科医学专科医师培训基地；国家医师资格考试实践技能考试基地与考官培训基地；全国医师定期考核人文医学考培基地。

国家临床重点建设专科：急诊医学、肿瘤学。

国家卫生部人类辅助生殖技术准入机构：妇产科生殖医学中心，国内最先通过国家卫生部人类辅助生殖技术准入的机构之一。

中国医学科学院联合实验室：海南省人类生殖与遗传重点实验室——中国医学科学院再生生物学重点实验室联合实验室。

教育部与卫生部卓越医生教育培养计划项目：五年制临床医学人才培养模式改革、农村订单定向免费本科医学教育人才培养模式改革、海南医学院“3+2”三年制专科临床医学教育人才培养模式改革

省级重点学科：药物化学、内科学、妇产科学、人体解剖与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、病理学、神经内科学、医学影像学。

院士工作站：医学院士工作站2个。

学校出版《亚太热带医药杂志》（英文版），目前为全国唯一全英文版国际性热带医药刊物，已进入国际所有著名医学检索系统， SCI入库率达100%；

《亚太生殖杂志》（英文版）已进入SCOPUS等8种国际检索数据库；《海南医学院学报》为中国核心学术期刊、中国科技核心期刊，现已被国际11种著名数据库收录，美国《化学文摘》（CA）入库率在中国医学院校期刊中名列第二。

通过我院毕业资格、学位资格审查者，颁发相应的统一普通高等学校毕业证书和医学学士学位、管理学学士学位、理学学士证书。

校本部有教职工1106人，其中专任教师678人，高级职称507人，硕博士785人,柔性引进两院院士7人、长江学者3人、国家“千人计划”专家1人,拥有国务院特殊津贴专家12人，国家百千万人才工程人选4人，“新世纪优秀人才支持计划”4人，海南省杰出人才5人，同时聘请国内外院士和知名学者80余人担任客座教授。