石河子大学设有化学化工学院、机械电气工程学院、水利建筑工程学院、食品学院、信息科学与技术学院（网络空间安全学院）、农学院、动物科技学院、医学院、药学院、生命科学学院、理学院、经济与管理学院、师范学院、文学艺术学院、马克思主义学院、法学院、外国语学院、体育学院、兵团能源发展研究院等学院。

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化学化工学院

官方网站：https://hgxy.shzu.edu.cn/

 机械电气工程学院

官方网站：https://jdxy.shzu.edu.cn/

水利建筑工程学院

官方网站：https://sjxy.shzu.edu.cn/

食品学院

官方网站：https://spxy.shzu.edu.cn/

信息科学与技术学院（网络空间安全学院）

官方网站：https://cs.shzu.edu.cn/

农学院

官方网站：https://nxy.shzu.edu.cn/

动物科技学院

官方网站：https://dkxy.shzu.edu.cn/

医学院

官方网站：https://yixy.shzu.edu.cn/

药学院

官方网站：https://yaoxy.shzu.edu.cn/

生命科学学院

官方网站：https://skxy.shzu.edu.cn/

理学院

官方网站：https://lxy.shzu.edu.cn/

经济与管理学院

官方网站：https://sem.shzu.edu.cn/

师范学院

官方网站：https://sfxy.shzu.edu.cn/

文学艺术学院

官方网站：https://art.shzu.edu.cn/

马克思主义学院

官方网站：https://mksxy.shzu.edu.cn/

法学院

官方网站：https://zfxy.shzu.edu.cn/

外国语学院

官方网站：https://wyxy.shzu.edu.cn/

体育学院

官方网站：https://tyxy.shzu.edu.cn/

兵团能源发展研究院

咨询方式：0993-2055055

    学校现有省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部重点实验室2个，农业农村部重点实验室2个，卫生与健康委员会重点实验室1个，兵团重点实验室15个，国家国际科技合作基地3个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个，国家地方联合工程实验室2个，国家大学科技园1个，国家新农村发展研究院1个，兵团工程技术研究中心3个，省部共建教育部协同创新中心3个，兵团协同创新中心4个，兵团临床医学研究中心7个，高等学校学科创新引智基地（“111”计划）1个，国家临床医学研究中心兵团分中心2个，国家民委研究中心1个，自治区和兵团文科重点研究基地5个，兵团新型科技创新智库2个。

 学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有99个本科专业（招生专业90个左右）（28个国家一流专业建设点、20个省级一流专业建设点）、9个一级学科博士学位授权点（应用经济学、生物学、机械工程、化学工程与技术、农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、工商管理学）、1个专业学位博士授权点（土木水利）、30个一级学科硕士学位授权点、31个专业学位硕士授权点。8个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。

现有国家一流建设学科1个（化学工程与技术）、国家重点学科1个（作物栽培学与耕作学）、部省合建学科群2个（化学工程与技术、农业工程），兵团重点学科15个。

临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学、工程学、材料科学、环境/生态学7个学科进入ESI全球前1%。7名教授入选全球前2%顶尖科学家榜单。

2023软科世界大学学术排名发布，石河子大学首次入围全球前1000，位居全球第901-1000名。

一级学科博士学位授权点（9个）

0202  应用经济学

0710  生物学

0802  机械工程

0817  化学工程与技术

0828  农业工程

0901  作物学

0902  园艺学

0905  畜牧学

1202  工商管理学

专业学位博士授权点（1个）

0859 土木水利

一级学科硕士学位授权点（30个)

专业学位硕士授权点(31个)

博士后科研流动(工作）站（10个）

学校现有教职工2714人，专任教师2006人（教授399人、副教授784人）。

现有中国工程院院士2人，入选国家人才项目45人次，国务院特贴专家80人，全国高校黄大年式教师团队2个，自治区、兵团级人才348人。

学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校学生32527人，其中普通本科生22914人、普通专科生1084人，硕士、博士研究生8032人，留学生497人。