学校目前设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院（针灸推拿康复学院）、中药学院、民族医药学院、护理学院、人文与管理学院、信息学院、国际教育学院、继续教育学院等学院。

学校目前有17个国家中医药管理局重点学科、14个省级重点学科，1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科（涵盖28个二级学科）硕士点，4个专业硕士学位点。有28个本科专业，其中，2个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业，3个省级综合改革试点专业，5个省级特色专业，2个云南八大重点产业引领品牌专业，1个国家级一流本科专业，5个省级一流本科专业，156项省级以上质量工程项目。

  学校目前有11个二级学院、1个公共课教学部。有17个国家中医药管理局重点学科、14个省级重点学科，1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科（涵盖28个二级学科）硕士点，4个专业硕士学位点。有28个本科专业，其中，2个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业，3个省级综合改革试点专业，5个省级特色专业，2个云南八大重点产业引领品牌专业，1个国家级一流本科专业，5个省级一流本科专业，156项省级以上质量工程项目。

校本部有教职工750人,学历、学缘、职称结构合理。有博士研究生导师18人，享受国务院政府特殊津贴专家7人，首届全国名中医1人，国家卫计委突出贡献中青年专家1人，全国中医药高校教学名师1人，省级教学名师8人；云南省千人计划产业人才1人、高端外国专家1人、青年人才5人；云南省万人计划云岭学者2人、名医专项15人，产业技术领军人才3人、云南省国医名师4人、名中医36人、荣誉名中医33人；享受云南省政府特殊津贴专家13人，云南省中青年学术和技术带头人16人、后备人才8人；技术创新人才2人，培养对象3人；首批云南省中医药领军人才3人、中医药高层次人才及培养对象2人。聘请420余名国内外知名教授和专家担任硕士生导师、名誉校长、客座教授、名誉教授。

截至2020年9月，学校有全日制学生1.3万余人。其中，本科生1.15万人，硕士研究生1647人，博士研究生13人，留学生218人。