学校目前按学年收取学费，收费依据为云发改收费〔2004〕536 号文件，具体标准如下：临床医学、口腔医学、麻醉学、医学影像学、预防医学、法医学、医学检验技术、医学影像技术、护理学、药学、康复治疗学、药物制剂、临床药学、卫生检验与检疫、食品卫生与营养学、医学实验技术、听力与言语康复学、眼视光学、儿科学、精神医学、康复作业治疗、康复物理治疗、助产学、眼视光医学等专业收费标准为5000元/年/生；应用心理学、假肢矫形工程专业收费标准为4500元/年/生；法学、劳动与社会保障、公共事业管理、市场营销、信息管理与信息系统、社会工作等专业收费标准为4000元/年/生；运动康复3400元/年/生。

护理学专业中外合作办学项目收费标准22000元/年/生。

学校按云南省的相关要求实行学分制改革，计划从2021级学生开始实行学分制管理，学费将按照经云南省发改委批准后的学分制收费方案收取。实行学分制收费管理的方式下，学生正常完成所在专业规定最低的学分所交纳的学费总额不高于实行学年制收费的学年学费总额，收费方式采取学年初预收，学年末结算的方式，具体以云南省发改委批复的方式为准。

住宿费按云发改收费〔2008〕1322号文件收取。

住宿费标准：分别为六人间800元/年/生和四人间1200元/年/生。如上级部门对本年度学费、住宿费标准进行调整，以上级部门规定的新标准为准。

少数民族预科班（本科）收费标准为1400元/年/生（实际收费按云南省物价局当年核定标准执行），由云南省少数民族预科教育基地（云南民族大学）收费。