学校设有“一院一部九系”，即马克思主义学院、基础教学部、第一临床医学系、第二临床医学系、医学技术系、护理学一系、护理学二系、口腔医学系、文理系、公共卫生系、药学系。开设有临床医学、口腔医学、护理学、药学、医学影像技术、医学检验技术、康复治疗学、眼视光学、中药学、制药工程、助产学等22个本科专业，涵盖医学、理学、工学、管理学、教育学等多个学科门类。

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学生在规定的学习年限内达到所学专业毕业要求，毕业成绩合格者，颁发经国家教育部认定的全日制普通高校本科毕业证书；符合学士学位授予条件者，按照国家有关规定，授予学士学位，并颁发学士学位证书。

学校在职在岗教职工743人，其中专任教师659人，专任教师中具有副高及以上职称教师260人，具有硕士及以上学历346人；自有非直属附属医院3所（昆明医科大学海源学院附属石林天奇医院、附属昆明同仁医院、附属富民医院）；教学医院3所（昆明市妇幼保健院、禄丰县人民医院、昆明安琪儿妇产科医院）；实践教学基地112个。

学校面向全国31个省、自治区、直辖市招生，截至2023年底，全日制本科在校生近1.6万人。