20世纪90年代，随着中国社会主义市场经济体制的建立，政府管理经济和企业的职能已发生重大变化，由直接管理为主逐渐转向间接管理为主，由微观管理为主转向宏观管理为主，国有企业也下放或转制到地方。在这一社会发展的背景下，高等学校的管理仍然过于集中。时任国务院副总理李岚清在其教育访谈录中对当时中国高等教育管理体制存在的问题曾有形象的阐述：

　　在改革前，我国的高等教育基本格局是中央一套，地方一套，低水平重复建设。中央部委的院校办学是面向全国、面向行业的，地方需要人才不能从那里得到满足，地方就要自己办一套。而中央所属高校也是分别由各部委办的，后来有不少地方的行业行政管理部门（厅、局）也办了高校。此后，有的地方就形成“你有什么，我也有什么”，与中央部门所属院校和专业设置更加重复。我曾形象地描绘当时高等教育资源被分割的局面，就好像一块蛋糕，先被横切，再被竖切，左切右切，最后被切成蛋糕屑了。中央部委所属的高等院校虽然历史较长、基础较牢，但由于数量太多，经费有限，主管部门鞭长莫及，高校发展步履维艰。改革前中央部委所属院校共有571所，仅机械部一个部就有25所。当时有的部委直属高校的同志无奈地说，我们出身于“多子女家庭”，一碗饭得大家分着吃，只能熬苦日子。而地方所属高等院校的总体情况是办学历史较短、基础相对较差。尽管与中央所属院校的许多专业是重复的，但因为它们是地方的“亲儿子”，地方也得竭尽全力地予以支持，形成了一个大家都陷入低水平重复建设的困境。

　　李岚清在其教育访谈录中的这段描述，真实准确地概括和反映了当时中国高等教育发展的状况和管理体制存在的弊端。

　　高等教育管理体制改革的艰难历程。高等教育管理体制改革是中国高等教育改革的重点，也是难点。时任国务院副总理、直接主管教育工作的李岚清对此给予了高度重视和大力推动。1994年、1995年和1996年国务院办公厅分别召开了三次高教管理体制改革座谈会，在改革实践的基础上认真总结了以往的经验，明确了改革思路。1998年，高教管理体制改革经验交流会召开，提出了“共建、调整、合作、合并”的“八字方针”。之后，在中央政府领导下，以1998年国务院机构调整为契机，教育部、财政部、国家计委等有关部委在各地的配合下，对国务院部门（单位）所属院校集中进行了三次大的调整，在一定程度上解决了部门办学的体制问题。

　　一是抓住1998年政府机构改革之机，国务院作出《关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》，首先对撤销的国务院9个部委所属的93所普通高校、72所成人高校以及许多中专和技校的管理体制进行了调整，其中的81所普通高校实行中央与地方共建，以地方管理为主。二是在1999年初，又对5个军工总公司所属的25所普通高校、34所成人高校以及几百所中专和技校的管理体制作了调整和改革。三是随后在总结经验的基础上，国务院又作出《关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》，对国务院机构改革后的50个部委和单位所属高校的管理体制及布局结构进行了调整和改革。此外，在教育部受国务院委托管理的72所高校中，也已经有34所与地方实行了共建。

　　这一前所未有的大规模改革前后总共经历了近十年的时间，基本上完成了新中国历史上最大的一次高等教育宏观管理体制改革和布局调整。尽管其间遇到了很多难题，但都一一适当地化解了，平稳地过渡到新的管理体制之中，从而形成了中央和地方政府两级管理、分工负责，在国家政策指导下以省级政府统筹为主的新体制。除少数关系国家发展全局的高校以及行业的特殊性强、地方政府不便管理的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部委管理外，多数高校均由地方管理或以地方为主管理。原来国务院有关部门直接管理的367所普通高校，改革后只剩下111所（2007年前后又有了进一步的调整），其他大多数高校实行了省级政府管理、地方与中央共建的体制。从权限变动到同心共建是这次高校管理体制改革的关键点，意在变“条块分割”为“条块有机结合”。部分原本就是省属的高校（如郑州大学、山西大学等），在隶属关系不变的情况下，也实行了与教育部共建。中央和地方共建一批学校，保持了稳定，同时也较好地解决了中国高等教育发展所面临的各种矛盾与困境。

　　高校管理体制改革要解决的第二个问题是中央与地方的关系。在这方面，中国于2000年迈出了决定性的一步，实行了两个重要的新政策：一是把高职学校的审批权下放给省级政府。以前所有高校都要由教育部审批。尽管此前曾有将研究生以下的学历教育下放给省级地方的动议，但很快就被否定了。二是把相应专科层次的招生计划权下放到省，中央只管本科。教育部与国家发改委反复磋商，最后取得一致意见。这是从实际出发和思想解放的结果，也是中国高校管理体制改革的重大突破。这两个权力的下放，扩大了省级政府的统筹决策权。

　　在世纪之交的高等教育管理体制改革中，高校的合并成为最易为社会和百姓所感知的一件大事。20世纪90年代初期，一些地方按优势互补的原则对当地高校的布局结构进行了调整，出现了南昌大学、上海大学、扬州大学、广西大学、延边大学等由多所高校合并重组办学的典型。在时任国务院副总理李岚清倡导下，浙江大学被选定为高水平大学进行合并办学的试点。1998年，原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并组建为新浙江大学，成为中国高校中的第一艘“航空母舰”。

　　世纪之交，全国共有556所高等学校（普通高等学校387所、成人高等学校169所）经合并调整为232所高等学校（普通高等学校212所、成人高等学校20所），净减324所。通过合并，一些地区高校重复设置、单科性院校过多、办学规模过小的状况得到明显改善，高校布局结构调整出现好势头。整个体制改革和布局结构调整的过程波澜壮阔而又相对平稳顺利。

　　高等教育体制改革的突破性进展。20世纪90年代以来，高等教育管理体制改革的主要形式包括共建、调整、合作、合并四种形式。改革的主要内容包括：改革部门办学管理体制，淡化和改变单一隶属关系，解决“条块分割”问题，变“条块分割”为“条块有机结合”；正确处理中央与地方的关系，扩大省级政府统筹权；正确处理中央教育行政部门和中央各业务部门的关系；改善和加强中央政府宏观管理的手段；在一定程度上扩大高等学校的办学自主权。

　　与此同时，高等教育为适应市场经济发展所作的其他各项改革也取得突破性进展。例如，高校毕业生就业制度的改革已经取得历史性突破，打破了过去“包分配”和“包当干部”的传统模式，经过供需见面、双向选择、自主择业等阶段，初步建立起了“市场导向、政府调控、学校推荐、学生与用人单位双向选择”的新机制。当然，这些积极的探索仍在不断地调整和完善之中。

　　在这一时期，以高等教育管理体制和机制改革为开端的高教改革不断深化。中国高校在宏观管理体制方面形成了中央和省两级管理、以省为主管理的新体制，成功组建了一批学科齐全、人才会聚的综合性大学；在办学体制方面，民办高校从无到有、迅速发展，公办高校和民办高校共同发展的办学格局初步形成；在投入体制方面，加大政府投入，形成了以政府投入为主的多元化投入体制；在招生和就业制度方面，有利于选拔优秀人才、实施素质教育的高校招生考试制度在探索中不断完善，积极推进“市场导向、政府调控、学校推荐、双向选择”的毕业生就业制度建设；在学校内部管理体制方面，人事和分配制度改革取得进展，激励机制、竞争机制和流动机制不断完善，后勤社会化普遍推行。这些改革大大增强了高等教育的发展活力，也为推动中国社会事业改革积累了经验。由于教育工作的制约因素众多，也使一些改革相对迟缓。例如扩大高等学校办学自主权问题，处理好高校逐渐加大的行政化倾向等问题，在1985年的《中共中央关于教育体制改革的决定》中就曾提出过，但由于条件和时机均不成熟，社会诚信体系等相关配套环境仍不具备或不够具备，所以很难有全局性的体制突破和标志性的进展。这些改革目标的实现寄希望于继续不懈的改革之中。