环境科学与工程本科专业是一门以科学理论为基础，工程技术应用为手段的交叉学科。课程涵盖了环境工程、环境科学、环境经济、环境法等多个领域，旨在培养具有广博的环境科学基础和深厚的环境工程技术功底的工程实践型人才。云南农业大学环境科学与工程专业有近30年的办学历史。专业始于1990年开始招生的农业环境保护专科专业，在化学、农学、生命科学、生态学、农业资源与环境学等学校优势学科的支撑下，逐步形成了多学科交叉、多门类融合、多领域协作的专业体系。经过多年的建设与发展，该专业针对高原湖泊流域农业面源污染、西南地质高背景农田土壤重金属污染、农业固体废弃物利用率低、水土流失严重等高原农业环境问题，依托农业资源与环境一级博士点，环境科学与工程一级学科硕士点，资源与环境硕士环境工程领域专业学位点形成本硕博贯通的梯次人才培养体系。

本专业学制4年，修业年限3-6年，授予工学学士学位。