学校已构建“奖、助、贷、减、补、勤”有机结合、“绿色通道”为补充的家庭经济困难学生的资助体系。家庭经济困难新生可通过“绿色通道”入学，对被录取入学的家庭经济困难新生，一律先办理入学手续，安排住宿。符合条件的学生可按照相应政策申请国家生源地助学贷款、国家助学金、勤工助学、临时困难补助及社会资助助学金等；成绩优异的高年级同学可申请国家、省政府、学校及社会各级各类奖助学金等。退役入学和在校期间入伍的同学除享受上述资助政策外，可按照入伍资助政策申请退役学费资助、学费补偿贷款代偿、学费减免等。

学校采取“奖、助、贷、补、减、勤、学费补偿代偿”等不同的资助措施，开通“绿色通道”，对家庭经济困难学生实施资助，并对品学兼优学生给予奖励，制定实施了《云南农业大学家庭经济困难学生资助实施办法（校政发〔2010〕202号）。学生入学后，可以相应享受到国家、省政府、学校、社会资助类的各级奖助学金、生源地信用助学贷款、勤工助学、特殊困难补助、学费减免及补偿代偿等多种形式并存的学生资助政策。