日语专业始建于2007年，2008年开始招生，是外国语学院设置的第二个本科专业。2016年成立菏泽学院外国语学院日语系。目前有专业教师7人，日籍教师1人，在校学生120人。

本专业以“精语言，通文化，重基础”为理念，突出学生日语“听说读写译”基本功和跨文化能力的培养。日语国际能力测试一级过级率80%以上，日语专业八级过级率三分之二以上。指导学生多次在山东省“泰山杯”日语演讲比赛、中国人日语作文大赛、“RWS”杯大学生科技翻译大赛等比赛中获得优异成绩。

该专业注重国际合作，先后在日本建立了5家固定的语言实习基地。学生在日本实习期间可以实践语言、体验文化、积累工作经验，从而为进一步升学或就业打下坚实基础。每年有多名学生赴日实习、考取日本著名大学研究生。2024年4月，与日本广岛大学签署了友好合作框架协议和“3+1”项目合作协议，进一步开拓了国际合作领域。