爱沙尼亚语专业创建于 2016 年，北京第二外国语学院是首个开设爱沙尼亚语专业的中国高校。2020 年被评为北京市级一流本科专业。现有教师 3 名，其中教授 1 名、外教 1 名，均具有对象国丰富的工作学习经历。爱沙尼亚是新欧盟经济水平最高的国家之一，我校爱沙尼亚语专业本科生由语言学教授悉心指导，有全班获奖学金出国留学的机会。首届大三学生全班 15 人分赴塔尔图大学、塔林大学留学一年，其中 13 人获得中国国家留学基金委奖学金。第二届大三学生有 13 人赴塔尔图大学留学一年，均获得国家留基委奖学金。首届本科毕业生就业方向包括国家部委、高校及赴爱攻读硕士和博士研究生。