一、山东高等农业学堂的创办
　　1906年，学部咨请各省举办实业学堂。山东巡抚杨士骧命山东商务议员、农工商总办朱钟琪在济南农林试验场的基础上筹办济南农林学堂。朱钟琪在呈送筹办农林学堂的报文中称："现已拟议办法，禀承抚宪筹备的款，聘请日本农学教习，即以试验场房基，酌建讲堂号舍，并就原有之地，已开之山，为土壤、森林等学之基础，名曰济南农林学堂，一俟工竣招生，即行拟议开办。
经过半年多的筹备，学堂于光绪三十二年八月（1906年9月）建成，并于这一年的9、10月间开始招生，招生时定名为山东高等农业学堂。学堂额定学生400名，由于当时尚缺乏合格的中学毕业生，"不得不参照定章，量为变通，先设中等农、林、蚕三科，兼令补习普通学，三年毕业，升入高等本科，亦以三年毕业。"
学堂开办之际，共有职员12人，教员8人，学堂监督为翰林院编修、直隶补用道王景禧。学堂开办时的教职员人数，到堂时间、办学经费、开办时间、开设科目等内容在1907年刊印的《学部官报》第五十四期里，都有十分详实明确的记载。
　　关于学校地址，许多文献史料都有明确的记载，署理山东巡抚吴廷斌的奏折中提到："在省城东关外七里堡原有试验场左近，建筑校舍，定名为山东高等农业学堂"。
1907年即学堂开办的第二年11月19日，署理山东巡抚（仍兼任布政使）吴廷斌上奏折向光绪皇帝、慈禧太后奏报了学堂开办的情况和办学经费的来源及支出情况。对学堂创办的具体时间、校址、学堂名号、招收的学生来源及人数、设置的专业、开办经费和常年经费等，都讲得十分明确。至于为什么不是在学堂成立之时而是在学堂成立一年后奏报，吴廷斌在奏折中的解释是，因开办时学堂的章程尚未周密妥拟，前任巡抚杨士骧（1905年1月任山东巡抚，1907年9月升任直隶总督）令章程拟定后一并奏报。
山东高等农业学堂的历任监督为：王景禧、马荫荣、张岩南。
　　二、山东高等农业学堂更名为山东公立农业专门学校
　　1913年颁布的"癸丑学制"明确规定，将学堂改称学校，官立改称公立，学堂监督改称校长。1913年6月，山东巡按使根据教育部的规定，将山东高等农业学堂更名为山东公立农业专门学校。历任校长为张岩南（1911-1915年）、周秉琨（1915-1917年）、巩秉秋（1917年春-周年秋）、郭葆琳（1917年8月-1926年）。
　　三、六所专门学校的合并与省立山东大学农学院的成立
　　1926年，山东督办张宗昌下令，将六个专门学校合并，组建山东省立山东大学。省立山东大学成立后，对原来的六个专门学校进行了适当的调整、合并，各院系负责人和教师基本上是六个专门学校的原班人员。学校设文、法、工、农、医五个学院，共有十三个系。农学院下设农学、林学、蚕学三个系，学制四年。院长为原山东公立农业专门学校校长郭葆琳。1930年，国立山东大学东迁青岛后，农学院仍设于原山东公立农业专门学校校址。院长为曾省。1938年2月，因抗战，教育部将国立山东大学暂行停办，部分师生和设备转入国立中央大学。1946年2月，国立山东大学农学院在青岛复校，成立了文、理、工、农、医五个学院，农学院下设农艺系、园艺系、水产系，农场设于城阳。院务由副院长陈瑞泰负责，1948年始由李善勤代理。
　　四、山东省立农学院的成立
　　1947年1月，国民党山东省政府决定在济南设立山东省立农学院，并以省政府主席王耀武的名义咨文呈报教育部。学院于1947年9月24日启钤办公，9月20日开始招生考试，最后录取了120人。设农艺系两个班，园艺系、森林系各一个班，学制四年。10月正式开课。院长为闫若珉。
1948年9月，济南解放，解放军军事管制委员会对省立农学院实行接管，上级任命刘春安为代理院长。1949年2月，山东省人民政府正式任命耿光波（省实业厅厅长）兼任院长，华山任副院长。同年11月黄河水利专科学校（校长钱正英）、青州农业专科学校（校长宋彦人）、省立济南农业职业学校（校长孙景洛）先后并入省立农学院。1950年9月，根据中央人民政府教育部各级学校不再冠以国立、省立等学样的通知要求，山东省立农学院更名为山东农学院。
　　五、全国高校院系调整
　　1952年5月，教育部制定了全国高校院系调整的原则。同年8月，华东军政委员会召开华东区各大专院校负责人会议。会上决定，山东农学院与山东大学农学院合并，成立新的山东农学院，并调入齐鲁大学农业专修科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组。9月12日，山东大学农学院除水产系外，农艺系、园艺系、植物病虫害系的78名教职员工和118名学生由青岛迁来济南，与山东农学院合并；齐鲁大学农业专修科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组也先后迁来济南。10月8日，山东农学院召开庆祝大会，庆祝院系调整胜利完成，宣布新的山东农学院成立，并确定10月15日为校庆日。院党委书记华山、院长陈瑞泰。
　　六、院系调整后半个多世纪的发展
　　1958年9月29日，根据省委通知要求，山东农学院由济南洪家楼迁来泰安现校址，并与设在泰安的山东林学院、山东畜牧兽医学院、泰安农业学校、济南水利学校（亦刚由济南迁来泰安）四所学校合并，成立山东农业大学。1959年5月仍恢复山东农学院及农、林、牧、水四所中专学校。
1983年9月，经省委、省政府批准，山东农学院更名为山东农业大学，校党委书记先后为王成旺、陈挺、刘龙驹、李毓椿，校长陈瑞泰、施培、邹琦。
1997年后，学校党委书记为盖国强，校长先后为冯承明、温孚江。1999年，根据省委、省政府指示，山东农业大学与山东水利专科学校合并，山东省林业学校并入，组成新的山东农业大学。
截止2004年，学校已为社会培养了包括中科院院士李振声、印象初，中国工程院院士束怀瑞、山仑在内的各类学生10万余人。