2018年，国科大首届本科生中共290人毕业，247名毕业生已经继续深造，攻读硕士或直接攻读博士学位，占毕业人数的85.1%。其中88人到境外留学，有23名学生获得国际顶尖大学录取（仅统计世界大学学术排名TOP20的高校）。通过推荐免试进入国科大55人（另2人进入清华、上交大），统招统考进入国科大各相关培养单位99人，还有少数学生自愿报考国内其他高校被录取。

2019年，国科大本科毕业生的深造率达到90%，在国内高校中深造比例首屈一指。

截至2020年11月，2020届共有368名本科生顺利毕业，超过325人继续深造，其中出国（境）深造75人。2021届毕业生免试研究生推荐名额较2020届毕业生增加23.5%。由132人增加到163人，推免比例超过40%，推免成功率100%。

截至2021年11月,2021届共有376名本科生顺利毕业，350人继续深造，深造率超过93%。出国(境)深造36人，国内深造314人，其中在国科大各相关培养单位深造306人，其他高校8人。

截至2022年7月，2022届共有367名本科生顺利毕业，331人继续深造，深造率超过90%。出国(境)深造32人，国内深造299人，其中在国科大各相关培养单位深造290人，其他高校9人。

截至2023年7月，2023届共有385名本科生顺利毕业，347人继续深造，深造率90.1%。出国（境）深造21人，境内深造326人，其中在国科大各相关培养单位深造319人，其他高校7人。