新疆医科大学设有中医学院、临床医学部、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第五临床医学院、第六临床医学院、药学院、基础医学院、护理学院、公共卫生学院、儿科学院、口腔医学院、健康管理学院、维吾尔医学院、医学工程技术学院、全科医学学院、人文学院等学院。

全国高校黄大年式教师团队2个，国家级教学名师1人，全国模范教师1人，全国中医药高等学校教学名师1人，国医大师1人，全国名中医4人，“长江学者讲座教授”1人；6人入选“国家级百千万人才工程”，63位专家享受国务院政府特殊津贴；自治区级教学名师17人、教学能手12人。2人获评“全国优秀共产党员”，4人获得“全国劳动模范”荣誉称号，10人获评“全国五一劳动奖章”。

全日制在校生27984人（本专科生21682人，硕士研究生5117人，博士研究生678人，各层次学历教育留学生507人）