学校现有和平校区、五里铺校区、定西校区及甘南校区四个校区，形成“一校四区”办学格局，学校本部设有16个教学机构。有4所直属附属医院（甘肃省中医院、甘肃中医药大学附属医院、白银市第一人民医院、甘肃宝石花医院），6所非直属附属医院，150家实践教学基地（含10所附属医院）。有省级教学团队18个，省级实验教学示范中心7个。目前馆藏纸质文献资源总量达98.6763万册，拥有各类数据库49个，纸质图书90余万册，电子图书249.5万册，电子期刊112.2万册。近5年来，承担国家、省部级和其他科研课题1042项，以第一单位获得各类科研成果奖励93项，获国家专利159项。出版学术专著及教材533部，发表学术论文2746篇。主办《甘肃中医药大学学报》《中医儿科杂志》《甘肃基层卫生》3种学术期刊，其中《中医儿科杂志》为中华中医药学会系列期刊、“2022年度中国高校优秀科技期刊”，《中医儿科杂志》《甘肃中医药大学学报》入选第二届“西牛计划”之“优秀中文科技期刊”。第二附属医院拥有宣肺化浊颗粒、清肺通络颗粒等院内制剂130多个，姜石颗粒获评2022年“甘肃省药学发展奖”一等奖，“陇绿源”商标获批国家知识产权局商标注册。