学院设有基础部、人文社科系、军事海洋系、航海系、舰炮系、导弹系、水武与防化系、通信系、信息作战系、舰船指挥系、海洋测绘系、政治系、外训系、研究生管理大队、学员旅、训练舰支队等教学实体。

    学院教学师资力量雄厚，有中国工程院院士1名，专家、教授数百名，硕士、博士生导师近200名，40余人次享受政府特殊津贴。近年来学院承担科研课题近千项，先后获得国家、军队级教学成果奖40余项，科技进步奖440余项。

共为人民海军培养输送了5万余名军政指挥军官，毕业学员中涌现出近200名将军、数千名舰艇长、数以万计的各级军政指挥员和众多知名专家、教授以及大批的功臣、模范和战斗英雄，现今水面舰艇部队80%以上的舰艇长均毕业于这所学院，被誉为“海军军官摇篮”和“中国海军黄埔”。