院系设置
学校设有基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、思想政治理论教研部、卫生管理学院(自治区卫生政策研究所)、外国语学院、计算机信息学院、护理学院（卫生技术学校）、体育教学部、研究生学院、继续教育学院、鄂尔多斯学院、口腔医学院等15个教学单位.
重点实验室
有内蒙古自治区中蒙药重点实验室、内蒙古自治区医学细胞生物学重点实验室，分子生物学研究中心、分子病理学实验室、人体组织胚胎学实验室和蒙医疗术学实验室6个自治区级重点实验室；有生物医学综合实验教学中心、形态学实验教学中心、药学基础实验教学中心、中蒙医临床模拟教学实验中心、护理实验教学中心、临床技能培训实验教学中心6个自治区级实验教学示范中心。内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在我校。学校紧密依托蒙医药学院和药学院的教学资源支撑、内蒙古国际蒙医医院的医疗资源支撑、内蒙古蒙医药博物馆的馆藏文献资源支撑、蒙药研究所和GLP实验室的科技创新平台支撑，全力打造蒙医药学科与专业特色，使该学科成为学校的优势特色学科，被自治区和国家中医药管理局评为重点学科，进一步巩固了学校该学科在世界范围内的领跑地位，2009年6月，蒙医药学被列为国家级非物质文化遗产项目。目前，国内仅有的2名该项目代表性传承人乌兰、阿古拉，均是我校的研究生导师。
重点学科
学校现有3个国家临床重点专科——骨外科学、神经外科学和普通外科学，3个国家中医药管理局重点学科——蒙医学、蒙药学、伤寒学，1个国家中医药管理局重点专科——蒙医脾胃病学；有1个自治区优势特色学科——中医学（蒙医学），病理学与病理生理学、眼科学、影像医学与核医学、外科学（普外、骨外）和民族医学（蒙医学）5个自治区重点学科，人体解剖与组织胚胎学、内科学（血液病）2个自治区重点培育学科，自治区临床医学领先学科7个，自治区临床医学重点学科7个。有自治区蒙医药协同创新培育中心、自治区肿瘤生物治疗协同创新培育中心2个自治区级协同创新中心；有自治区中蒙药重点实验室、自治区医学细胞生物学重点实验室、自治区分子病理学重点实验室、自治区分子生物学重点实验室、自治区分子影像学重点实验室、自治区临床病原微生物重点实验室6个自治区重点实验室；有蒙医器械研发工程技术研究中心、分子与功能影像工程技术研究中心、自治区数字转化医学工程技术研究中心3个自治区工程技术研究中心；有新药筛选工程研究中心、动物脏器高值化利用生物活性肽工程实验室2个自治区工程研究中心（实验室）；有1个自治区高等学校创新平台——人文社会科学重点（培育）研究基地;有生物医学综合实验教学中心、形态学实验教学中心、药学基础实验教学中心、中蒙医临床模拟实验教学中心、护理实验教学中心、临床技能培训实验教学中心6个自治区级实验教学示范中心。其中，中蒙医临床模拟实验教学中心被评为国家级实验教学示范中心,蒙医学虚拟仿真实验教学中心被评为国家级虚拟仿真实验教学中心。内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在我校。学校紧密依托蒙医药学院和药学院的教学资源支撑、内蒙古国际蒙医医院的医疗资源支撑、内蒙古蒙医药博物馆的馆藏文献资源支撑、蒙药研究所和GLP实验室的科技创新平台支撑，全力打造蒙医药学科与专业特色，使该学科成为学校的优势特色学科，被自治区和国家中医药管理局评为重点学科。2016年完成了国家中医药管理局重点学科蒙医学验收工作和蒙药学建设任务，蒙药学重点实验室和蒙医药博物馆（蒙医文献学科)获批为自治区医疗卫生领域重点实验室，进一步巩固了学校该学科在世界范围内的领跑地位。2009年6月，蒙医药学被列为国家级非物质文化遗产项目。目前，国内仅有的2名该项目代表性传承人阿古拉、乌兰，均是我校的研究生导师。
可授予的学位
现有以下学科和专业具有硕士学位授予权：
生理学、药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、微生物与生化药学、生药学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学、病原生物学、流行病与卫生统计学、眼科学、妇产科学、影像医学与核医学、耳鼻喉科学、内科学、皮肤病学与性病学、儿科学、外科学、神经病学、来年医学、精神病与精神卫生学、临床检验诊断学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、口腔临床医学、中医临床基础、民族医学、方剂学、中医内科学、中医基础理论、中医医史文献、中医诊断学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、针灸推拿学、中药学、护理学。
师资力量
学校现有专任教师926人。其中，教授241人，副教授224人，具有博士学位人员287人，硕士学位人员545人，专任教师中具有硕士及以上学位教师的比例为89.85%。有硕士生导师599人，兼职博士生导师16人。享受国务院政府特殊津贴专家64人，国家和自治区有突出贡献的中青年专家35人，国家“新世纪百千万人才工程”人选1人，自治区“新世纪321人才工程”第一、二层次人选72人次，自治区高等教育“111人才工程”第一、二层次人选9人，自治区杰出人才6人，自治区草原英才创新团队30个、自治区草原英才60人，有国家级教学名师1人，全国优秀教师1人，自治区师德标兵1人，自治区教学名师12人，自治区优秀教师8人，自治区教坛新秀9人，自治区重点建设专业2个，创建了1个国家级教学团队和9个自治区级教学团队，4个自治区科技创新团队和2个自治区高等学校创新团队。学校著名蒙医专家苏荣扎布、吉格木德教授荣获全国“国医大师”荣誉称号。
学生人数
学校现有全日制在校生14715人。其中，本科生10732人、专科生2297人、研究生1526人、留学生90人，民族预科生70人，中职生1646人，本科各专业面向国内28个省、市、自治区招生。