我校拥有19个国家级重点学科，即：植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、农业机械化工程、农业电气化与自动化、农产品加工与贮藏工程、作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、果树学、土壤学、植物营养学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、基础兽医学、预防兽医学、农业经济管理，在２００１年全国高校评选中居第八位。

在2002年和2003年全国一级学科整体水平评估中，我校植物保护、食品科学与工程、畜牧学、兽医学、农业工程等5个一级学科在全国80个一级学科整体水平评估中排名第一，与浙江大学、中国人民大学并列全国高校第三位。