为鼓励学生个性发展，调动学生学习的积极性和主动性，学校制定了《福建医科大学本科学生转专业管理办法（2021年修订）》。第一学年平均学分绩点位于同年级同专业排名前20%（含20%）以内，并且素质测评分位于同年级同专业排名前30%（含30%）以内等相关条件的学生，可提出转专业申请（高考选考科目要求不符合拟转入专业招生对选考科目要求的除外），通过转专业考试选拔后可转入相关专业。