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1981年，中国古代史和世界史获国家首批博士学位授予权。1986年，历史地理学获博士学位授予权。1997年，历史学获一级学科博士学位授予权，覆盖了史学理论及史学史、考古学及博物馆学、历史地理学、历史文献学、专门史、中国古代史、中国近现代史、世界史等8个二级学科。2003年，增列中国文化史、中国经济史、国际关系与中外关系史、地区国别史等4个二级学科博士学位授权点。1999年2月，国家人事部在武汉大学设立历史学博士后科研流动站。2012年，经重新申报确认分别设立中国史、世界史和考古学三个博士后科研流动站。