两个校区实行一体化管理，除办学专业和就读地点这两个区别外、在教学运行、学籍管理上都是同一套管理体制。

学校在荣昌校区设有商贸学院、动物科学技术学院、动物医学院、水产学院 4 个教学科研单位，共设置设置 9 个招生专业（类）：管理科学与工程类（含信息管理与 信息系统、大数据管理与应用）、市场营销、国际经济与贸易、物流管理、动物科学、 动物科学(中外合作办学)、动物医学类(五年制)(含动物医学、兽医公共卫生)、动物医学类（含动物药学、中兽医学）、水产类（含水产养殖学、水族科学与技术）。学生进校后，可以在荣昌校区专业内按照学校有关规定申请专业转换。

不能转到北碚校区，但可以选择北碚校区相关专业辅修