临床医学专业学制为5年。2009年获批为教育部特色专业，2012年入选教育部、卫生部共同组织实施的第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校，2018年通过教育部临床医学专业认证，2020年入选首批国家级一流本科专业建设点。临床医学专业以“新医科”为指导思想，加强课程体系建设(包括贯通课程、医学人文类课程、公共卫生健康促进管理类课程、临床技能模块课程)，将基础与临床相结合，重点培养学生的临床思维能力，为推进健康中国建设、保障人民健康提供强有力的人才保障。 临床医学专业内招生由基础医学与公共卫生学院、第一临床医学院(暨南大学附属第一医院)、第二临床医学院(深圳市人民医院)、附属广东省第二人民医院(广东省第二人民医院)共同培养。校本部班、深圳班和省二医班前3年课程均在广州石牌校区完成，其中校本部班后2年课程（含临床毕业实习）在各临床教学基地完成，深圳班后2年课程在第二临床医学院完成，省二医班后两年课程在附属广东省第二人民医院完成。