南农拥有灵活的学籍管理制度。

一是全面放开在校生转专业申请，除特殊类型录取学生外，所有学生均有资格提出转专业申请，并最多填报两个专业志愿；

二是本科生在校期间，可获两次转专业机会，即在大一、大二春季学期，有意向的学生均可按照相关学院的转专业要求提交申请；

三是学校组织专家对学生的专业潜能和综合素质进行考核，学生在通过选拔后，即可进入新专业学习。

据统计，近三年每年申请转专业学生中，80% 左右均能成功转入新专业。