院校专业组平行志愿投档是以院校专业组为投档单位，按照“分数优先、遵循志愿”的原则，实行一次性投档。平行志愿投档时，按考生投档分从高分到低分排序，投档时根据考生所填报院校专业组志愿顺序，投档到排序在前且有计划余额的院校专业组。如，某考生填报40个院校专业组志愿，投档时，线上考生先按分数大排队，然后由计算机逐一检索考生所填志愿，如果符合A院校专业组投档条件且有计划余额时，则投档到A志愿，如果不符合投档条件，再检索B院校专业组志愿，若符合投档条件且有计划余额，则投档到B志愿，若不符合，继续检索，直至考生所填志愿检索完毕。档案一旦投出，即不再检索该生其它志愿，从而完成对该考生的投档。然后开始检索下一名考生，依此类推，直到完成本批次排序最后一名考生的投档。

投档后，院校按院校专业组投档结果进行专业录取，录取办法由院校在招生章程中公布。当考生所填专业均已录满时，院校依据考生填报的是否服从专业志愿调剂情况进行专业调剂录取。专业调剂录取只能在考生被投档的院校专业组内未录满专业中按院校录取原则进行调剂录取。因不服从专业志愿调剂，不符合专业录取条件（身体条件、文化课成绩、单科成绩等要求）不能被录取的考生，由院校作退档处理。