荣昌校区是学校“一校两地”办学格局中的重要组成部分，是学校多学科高水平特色校区，拥有国家级实验教学示范中心动物科学实验室、重庆市实验教学示范中心动物医学实验室、重庆市重点实验室水产养殖实验室、重庆市级研究平台肉牛工程技术研究中心、重庆市教委重点建设平台兽医科学工程研究中心，畜牧学、兽医学、水产养殖学具有博士学位授予权。两个校区实行一体化管理，除办学专业和就读地点这两个区别外、在教学运行、学籍管理上都是同一套管理体制。学校本科毕业证书只有一个统一的样式，荣昌校区就读的学生毕业证书版式和北碚校区的一致，无荣昌校区字样。