香港中文大学（深圳）采用香港中文大学学术质量控制和学位颁授标准，由香港中文大学教务会负责审批和监督香港中文大学（深圳）的学位课程。符合香港中文大学学位要求的香港中文大学（深圳）学生将获颁授香港中文大学的学士学位证书，而按照国家教育部有关规定，完成学业并符合毕业条件的学生将另颁发香港中文大学（深圳）的毕业证书。

对合格的临床医学专业本科毕业生，颁发香港中文大学理学学士学位（临床医学）证书，同时颁发香港中文大学（深圳）医学学士学位证书、香港中文大学（深圳）的毕业证书。

香港中文大学（深圳）以英文为主要教学语言，部分通识课程和中文课等会以中文（普通话）教学。