学校每年所获科研课题和获奖数，均位居全国高等医科院校前列， “十五”以来（2001-2003年底），共承担国家和省市基金课题643项，总经费1.38亿元，是广东省各类基金课题经费最多的医科院校。“九五”以来（1996-2003年），在广东省所有各类高校作为第一完成单位共获得国家科技进步二等奖18项（没有一等奖），其中我校就有9项，占全省的50%。“十五”期间，广东省医药卫生评出科技进步一等奖17项，我校共获9项，占广东省一等奖总数的53%。学校国内论文发表数和被引用数每年列全国高等院校第20位左右；附属南方医院每年发表的论文数始终居全国医院的前10名。学校公开发行的5种期刊已成为本专业领域国内最权威的学术期刊，其中，《南方医科大学学报》是权威医学情报检索机构IM收录的4所国内医科院校学报之一。