学校办学格局为“一体两翼”，北京师范大学（北京校区）的本科院校招生代码为10027，北京师范大学（珠海校区）的本科院校招生代码为19027，考生填报志愿时分别填报，分别录取。对在规定年限内达到所在专业毕业要求的本科生，颁发北京师范大学本科毕业证书，毕业证书注明培养校区；对符合北京师范大学学位授予有关规定的本科生，颁发普通高等教育本科毕业生学士学位证书。

北京师范大学珠海校区，是北京师范大学建设“综合性、研究型、教师教育领先的中国特色世界一流大学”的重要组成部分，是按照学校“一体两翼”办学格局和“高标准、新机制、国际化”原则打造的，与北京校区同一水平的南方校区。北京校区、珠海校区将形成各有侧重、优势互补的功能定位。北京校区侧重于基础学科和应用学科布局，珠海校区毗邻港澳的独特优势和创新氛围，是卓越教师尤其是国家急需学科师资培养的“黄埔军校”，是教育高精尖研究中心，服务港澳人心回归和“一带一路”倡议的人才培养基地，新兴学科、交叉学科培育基地。珠海校区作为北京师范大学的有机组成部分，将按照与校本部同水平、同标准办学，立足粤港澳大湾区，服务国家重大发展战略，服务广东创新驱动发展战略，促进北京师范大学“双一流”建设。在人才培养上，珠海校区将充分发挥和彰显北京师范大学教师教育优势与特色，为国家培养新时代“四有”好老师和拔尖创新人才。

2017年8月，广东省、珠海市、北京师范大学共同签署了《共建北京师范大学珠海校区协议》，三方协力共同推进北京师范大学珠海校区建设。2019年4月，教育部正式批准北京师范大学建立珠海校区。