学校设有药学院、医学院、教育与管理学院、信息工程系、智能工程系、建筑工程系、继续教育学院、基础教学部和马克思主义学院9个二级教学单位，建有国家级职业技能鉴定站、安徽省中医药科学院亳州分院、安徽省华佗中医药研究院、亳州市产品质量检验检测研究院，国家级实训基地3个，省级示范实训中心和实践教学基地32个。

学校占地面积481亩，总建筑面积22.9万平方米，实验实训基地建筑面积7.1万平，学校纸质图书60余万册，纸质和电子专业期刊5000种，教学科研仪器设备资产总值达1.1亿余元。

学校建有8个专业群，省级“双高”专业群2个，开设中药学、中药制药、药学、中医学、护理、针灸推拿、康复治疗技术、学前教育、连锁经营管理、高速铁路客运服务、大数据与财务管理、机电一体化技术、医疗器械维护与管理、电子商务、计算机应用技术、建筑工程技术、建筑室内设计等36个专业，其中央财支持建设专业4个，省级特色专业和综合改革试点专业16个。

我院是经教育部备案、承认的普通高等学校，学生在校期间成绩合格者，都可颁发教育部承认的全国通用的大专毕业证；同时学有余力的学生还可以参加专本同读考试，获取本科文凭、并可申请学士学位证书；同时还可以参加各种劳动技能资格考试，获取各种劳动技能证书。

学院是安徽省唯一一所与安徽中医药大学联合开办中药学专业专升本教育的高职院校，考入安徽中医药大学中药学专业专升本的学生在亳州职业技术学院学习深造，毕业颁发安徽中医药大学本科文凭。

学校拥有专兼职教师704人，其中校内教师398人，教授、研究员和主任医师等正高级职称16人，副教授、副研究员、副主任医师等副高级职称83人；享受国务院特殊津贴1人，市政府津贴12人，省级学科与技术带头人、技术领军人才、教学名师、专业带头人、教坛新秀33人；“双师素质”教师327人。校外兼职教师306人，聘任包括中国工程院院士卢秉恒先生，国医大师徐经世、李业甫等专家、教授61人。

学校办学层次以普通专科为主，兼有专升本、五年制大专和成人教育本、专科。目前，全日制在校生近13000人，非全日制在校生近8600人。