南科大校区位于深圳市南山区学苑大道1088号，包括启动校区和与之相邻的新校区两大部分。启动校区占地15万平方米，总建筑面积2.5万平方米，已于2010年5月正式投入使用。新校区占地面积194.38万平方米，规划总建筑面积为63万平方米，分两期建设。一期工程将于2012年6月至12月期间分批次逐步完工并交付学校使用。二期工程计划于2020年完成。南科大校园依山傍水、风景秀丽、功能完善、交通便捷，建设理念为“厚重、实用、节能、环保”，建成后将成为具有国际影响力的绿色生态校园。