学院围绕中医药产业和大健康产业发展需求设置医学、药学、健康管理、护理、基础、思政等6个教学系部。

药学系开设有中药学、中药材生产与加工2个专业。现有中药材标本室、药用植物实训室、中药炮制实训室、中药鉴定实训室等14个专业实训室，同时与仁和集团、江西致和堂中药饮片有限公司、江西江中九州医药有限责任公司、江西绿源堂药业有限公司等20余家企业建立了稳定的校外实习基地。

医学系开设有康复治疗技术专业。现有作业治疗实训室、运动治疗实训室、物理因子治疗实训室、康复评定实训室、言语治疗实训室等7个专业实训室，同时有南昌大学第二附属医院、樟树市中医医院、樟树市人民医院等三甲、二甲医院作为教学实习医院。

护理系开设有护理专业。现有护理基础实训室、儿童护理实训室、妇产护理实训室、内科护理实训室（含健康评估）等11个专业实训室，同时有南昌大学第二附属医院、江西省樟树市中医医院、樟树市人民医院等三甲、二甲医院作为教学实习医院。

健康管理系开设有药品经营与管理专业。现有模拟大药房及综合实训室、药品经营与仿真实训室、药品物流实训室、健康管理实训室等6个专业实训室，同时与仁和集团、江西致和堂中药饮片有限公司、江西江中九州医药有限责任公司、江西绿源堂药业有限公司等14家企业建立了产学研校外实训基地。