学院实行二级管理，设临床医学系、护理系、药学系、医学技术系，思政部、基础部、公共部，图文信息中心、实验实训中心和两个直属附属医院。学院附属医院（六安市第二人民医院）是三级甲等综合医院，开放病床1500张。现有职工1599人，其中高级职称302人，“江淮名医”3人，省首届卫生健康“杰出人才”4人，省首届卫生健康“骨干”人才4人，“皖西名医”16人，“六安市拔尖人才”6人，市学科带头人及后备人选2人，“百优医护人员”6人，获得市政府特殊津贴6人。学院附属口腔医院是落实省“十大暖民心行动”建设项目，是市人民政府批准唯一的公立二级口腔专科医院，集医疗、教学、科研、预防、公益为一体，现有医护人员38名，其中主任医师2名、副主任医师8名、副主任护师2名。同时学院还有14家非直属附属医院、9家教学医院和108家实习医院和基地，为实施“双主体教学”和学生实习见习创造了良好的条件。