湛江校区设有水产学院、海洋与气象学院、食品科技学院、滨海农业学院、机械工程学院、海洋工程与能源学院、马克思主义学院、经济学院、管理学院、数学与计算机学院（软件学院）、电子与信息工程学院、化学与环境学院、船舶与海运学院、文学与新闻传播学院、法政学院、外国语学院、中歌艺术学院、体育与休闲学院、继续教育学院等19个学院。

阳江校区设有机械与能源工程学院、材料科学与工程学院、计算机科学与工程学院、食品科学与工程学院、商学院等5个学院。

学校拥有1个国家技术创新中心平台——国家耐盐碱水稻技术创新中心华南中心、1个国家级实验教学示范中心——水产科学与技术实验教学示范中心；广东省水产动物病害防控与健康养殖重点实验室、广东省水产品加工与安全重点实验室、国家贝类加工技术研发分中心（湛江）、广东省南美白对虾现代种业产业园、南海海洋牧场智能装备广东省重点实验室等46个省部级科研平台；南海水产经济动物增养殖重点实验室、陆架及深远海气候、资源与环境重点实验室、南海现代渔业协同创新中心等27个市厅级科研平台；工程训练中心、航海技能训练中心等15个省级实验教学示范中心；1个国家级大学生校外实践教育基地、17个省级大学生实践教学基地；3个省级科产教融合实践教学基地；1个广东省协同育人平台；6个广东省产业学院；16个广东省联合培养研究生基地。拥有1个首批广东省协同创新平台培育对象——南海现代渔业协同创新中心。建有海洋资源与环境监测中心（具有国家资质认定计量认证实验室）、海洋药物研究与开发实验室等98个校级教学科研实验室。有全国高校中水生生物标本最多的水生生物博物馆以及与自然资源部（原国家海洋局）第二海洋研究所共建的海洋遥感与信息技术实验室2个“全国海洋科普教育基地”。

学校现有“水产”“海洋科学”“食品科学与工程”“船舶与海洋工程”“作物学”5个广东省高水平大学重点建设学科，6个省级重点学科，植物学与动物学、工程学、农业科学3个学科进入ESI世界前1%。其中水产一级学科、水产品加工及贮藏工程二级学科被列为“攀峰重点学科”，海洋科学一级学科被列为“优势重点学科”，机械制造及其自动化、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理3个二级学科被列为“特色重点学科”。“水产”“海洋科学”和“食品科学与工程”3个博士授权一级学科在全国第四轮学科评估中，广东排名分别为第1、2、3名。现有“水产”“食品科学与工程”和“海洋科学”等3个一级学科博士点；11个一级学科硕士点，12个硕士专业学位类别。有85个本科专业（含2个中外合作办学专业），其中有11个国家级一流本科专业建设点、5个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业；10个省级一流本科专业建设点、28个省级以上优势特色专业。

学校现有教职工2581人，其中专任教师1735人、副高以上职称人员681人、博士学位者857人；博士生导师125人、硕士生导师591人；1个院士工作站，2个博士后科研流动站；入选青年珠江学者、“扬帆计划”科技创新领军人才、广东省高等学校“千百十工程”国家级培养对象等共8人，省级培养对象14人；现有15人入选广东省高等学校优秀青年教师培养对象、17人入选广东省“扬帆计划”高层次人才培养对象，15个省级教学团队、21个省级高层次研究团队、11名省部级教学名师、1名全国气象教学名师、7名教育部高等学校教学指导委员会委员、34名广东省高等学校本科教学指导委员会委员。

学校面向全国29个省、自治区、直辖市招生，现有全日制本科生、研究生、留学生4万余人，成人高等教育学生2万余人。