根据《合肥工业大学本科生校内转专业暂行办法》规定，申请转专业方式比较多，（一）全校范围内转专业，第一学年学习成绩专业排名前30%的学生可申请转专业。（二）其他方式转专业1.循环协议转专业：在一年级期间，在个人自愿，并作出承诺的情况下，两人之间或多人之间一对一互相交换循环转专业。2.学有特长转专业：在一年级、二年级期间，学有特长的学生（即在全国或国际学科竞赛中取得优异成绩者），可视具体情况转入相关专业。3.学习困难转专业：在一年级、二年级期间，学习确有特殊困难的学生，可在学校规定的专业范围内申请转专业。（理工类专业可转文、经、管、法类专业，工科类专业可转理科类专业，文、经、管、法类可转文科类专业。）4.创新创业转专业：申报获批创新创业休学的本科学生创新创业满2年及以上,且休学前学业GPA达到3.0及以上者，可申请转入与其创新创业项目相关的专业学习。5.入伍退役转专业：退役后复学者，因自身情况需要转专业者。

另外，学校每年以培养拔尖创新、学术精英和行业领军人物为目标的创新实验班年度招生计划180人左右，将在新生入学两个月内进行选拔，学生录取后学籍由原专业转入创新实验班相关专业。