学校设有临床医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、基础医学院、生命科学与化学学院、文学院（对外汉语教育学院）、马克思主义学院、政法与经管学院、外国语学院、数学与计算机科学学院、物理与电子信息学院、体育科学学院、艺术学院、教育科学学院（师范学院）、继续教育学院等16个下属学院；有图书馆和教学科学服务中心等2个教辅机构；有药物研究所、民族文化研究所、媒介与病原生物学研究所、东喜马拉雅生物资源和生态环境研究所、建筑规划与设计研究所等5个科研机构；拥有5所附属医院和100多个实践教学基地，为学生的实习实践教学提供了良好的条件。

学校本部现有教职工1113多人，其中专任教师830人。专业技术人员中，正高职称99人、副高职称268人，具有博士和硕士学位的教师占专任教师的48.1%，有国家级突出贡献专家1人，享受国务院特殊津贴专家5人，享受云南省政府特殊津贴专家8人，云南省有突出贡献专家8人、云南省中青年学术和技术带头人5人、云南省教学科研带头人2人。学校还从国内外聘请了大批知名学者担任客座教授和兼职教授。