飞行学员除享受军校学员待遇外，还享受航空飞行专业岗位津贴、空勤伙食、特种装具等待遇。大学毕业后，高中生和大学二年级学生飞行学员获大学本科学历、授学士学位，并任命为副连职军官;应届本科毕业生飞行学员，再授予军事学学士学位，并任命为正连职军官。
高中生飞行学员停飞后，根据本人素质且具备培养为地面军官条件的，转入地面军事院校学习。大学二年级飞行学员停飞后，根据本人意愿可退伍回原普通高校继续学习;应届本科毕业生飞行学员停飞后，符合地面军官条件的，可直接任命为地面军官，也可根据本人意愿作退伍安排。
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